ども，馬です．
VPSを再起動したらmediawikiがうまく動いてくれませんでした．
エラーメッセージを見るとmysqlが死んでるとのこと．
あれーと思ってphpmyadminを見に行ったらログインできませんと言われました．
そこでコンソールからログインしようとしたところ，
mysql: symbol lookup error: /usr/local/lib/libreadline.so.6: undefined symbol: UP
とエラーを吐きました．
これはまずい．
というわけでggった結果なんとか解決出来ました．
以下解決方法
まずsuでrootになります．
その後，
cd /usr/local/lib mkdir temp mv /usr/local/lib/libreadline* temp ldconfig apt-get update service mysql restart
でログインできるようになりました．